紹興三年三月，朝廷下令，命岳飛前往虔州與吉州，鎮壓兩地的農民起義軍。
這些起義軍的出現，要追溯到建炎二年的秋天，高宗聽說金人南侵的軍隊蠢蠢欲動，似乎又有渡江南下之意，便派遣了上萬兵馬，護送隆祐太后和後宮妃嬪，攜帶大量的宮廷用品以及財帛細軟等物，從建康先行逃往虔州去避難。
他們出發沒有多久，金人的西路大軍已從黃州大冶渡過了長江，陸續攻佔了江州以至洪州等地。
凡是金人兵馬所到之處，總不免要燒殺搶掠一番；至於南宋的官軍，除了極少數紀律嚴明的正規軍，有很多都是被招安的流寇，因此所到之處也同樣要搶奪財物，擄掠女人，騷擾居民的狀況幾乎沒有差別。
隆祐太后和護送的官軍進入吉州太和縣境內時，晚上住在景德寺，有一個名叫陳辛的人，帶領一萬多名憤怒的民眾想要向隆祐太后陳情，申訴她隨行的官軍掠奪人民財物。想不到太后以為這是一群暴民包圍他們，居然命令官軍屠殺民眾衝出寺去，最後演變成軍民之間劇烈的武裝戰鬥。
由於場面不斷擴大，到最後雙方的領導者都控制不了局面，上萬名的護送兵竟然迅速潰散，各自搶劫了一些財物分逃到各地去當游寇，使附近十幾個縣內的居民從此無法繼續安居樂業，造成虔、吉之間一個很不安定的大禍害。
飽經金人與叛逃禁衛軍蹂躪之後，李成、曹成等游寇又進入這個地區，佔據城鎮，劫掠鄉村，導致許多戶口變成空戶，良田美宅成為荒地與廢墟。可是朝廷的各種苛刻的賦稅並未減少，人民生活十分困苦。
建炎四年十二月十五日，虔州縣一名鄉貢進士李敦仁，與他的弟弟李世雄等人，聚集了虔州縣六鄉的農民數萬人在羅源起事，四齣進行攻擊，攻佔了虔化、石城等四個縣。紹興元年春天，又活動到福建路汀州的寧化、清流兩縣。到冬天，江西安撫使司派遣郝晸、顏孝恭兩名統制帶兵前往虔州，以殘酷的手段將這支起義軍勉強鎮壓了下去。
過了不久，在虔州的鄰境吉州又爆發了以彭友、李滿等號稱十大王的農民起義，主要活動於江西、湖南兩路之內；虔州受到感染，陳顒、鐘超、羅閑十等人相繼而起，帶領農民十多萬人起義。
虔、吉兩州介於福建和兩廣之間，是由江南進入兩廣的交通孔道。兩州的地形充滿高山險阻，林木茂盛。贛水正好直接貫穿兩州境內，也成為起義軍之間互相聯繫的管道。虔州境內的起義軍憑藉山形險阻為根據地，又不斷向四周地區發展，東部到達福建的汀州和邵武，南部到達廣東的循、梅、潮、廣、惠、英、韶、南雄各州。
對於游寇猖獗的地區，朝廷都在重要城市設置各路的安撫使，交付給他們調集地方部隊、鎮壓游寇與起義軍的職責。然而虔、吉兩州正好居於江西、福建、兩廣三路的交界處，因而成了一個三不管地區。所以南宋朝廷偶或調集軍隊前往攻打時總是無法保密，在官軍未到之前，起義軍早就做鳥獸散，化整為零成為一般農民，使官兵無從打起；等到官軍退卻，起義軍便又集結如常。這種情況延續了幾年，起義軍的力量愈來愈見擴大，中央有些高官甚至認為，從虔州到吉州全境已經是鮮有良民了。
前此派往江西路擔任宣諭使的劉大中，派往廣東路擔任宣諭使的明橐，這時不約而同上奏朝廷，認為岳飛的部隊最有紀律，軍風最為整肅，所到之處絕對不會騷擾人民，所以往往能夠獲得居民的歡迎與協助；如果打算徹底撲滅江西境內的各支反抗勢力，岳飛絕對是不二人選。
而且從過去岳飛過去的戰績看來，他不但有實力可以撲滅這群叛民，而且鎮壓成功之後，還可以把其中的優秀人才收編，對他們繩以紀律，訓練成精良的隊伍，到時候可以用來抗擊金入，豈不是一舉兩得嗎？
於是，鎮壓虔、吉州農民起義軍的任務便落到岳飛頭上了。
所謂大軍未動，糧草先行。岳飛接獲命令時，雖然已是三月暮春，士兵的春季制服卻還沒有著落；二萬四千人的日常開銷費用不在少數，但也尚未發下。岳飛向南宋朝廷陳報了這些狀況，高宗馬上下令，命戶部馬上撥一萬五千匹綢布給岳飛，供做軍服之用。又下詔給吉州的榷貨務，以最快速度撥給他三萬貫軍費。
軍隊駐屯不動的時候，糧餉方面即使稍有短缺，尚可將就度日；但是一旦出動踏上征途的時候，糧餉不足便不容易維持全軍的紀律，而紀律的整肅卻是岳飛最重視的事。岳飛在奏章中也特別提到這個問題，所以朝廷馬上下令給江西、廣東、湖南三路的轉運使，要他們籌措糧餉，盡全力供應岳家軍所需。
其實，南宋朝廷成立以來，一直都是風雨飄搖，戰事不斷，雖然已經儘力橫徵暴斂，財政還是十分拮据。所以一方面開源節流，一方面嚴格控制支出的先後順序。
在上山下海，四處竄逃之後，高宗深深知道目前最需要的就是建立幾支強大的武力，足可與金人抗衡，才能維持東南半壁江山的穩固。以目前來說，包括韓世忠、張俊、劉光世與岳飛，這四大武力所需的軍費糧餉，都是列為優先供給的項目。
至於個人的待遇，也是一改北宋時期重文輕武的舊例。文官最高階是正一品宰相，依例應該是一個月領三百貫，但是為體時艱通常只發一百五十到二百貫。但是武將只要升任從二品節度使，一個月便可實領四百貫，而且名下還依照功勛大小，每月發給特別費三千至一萬貫，以便因時因地制宜便宜行事，或做為打賞手下或公關之用。
四月初七日，岳飛帶著張憲、徐慶、王貴等共一萬人馬到達吉州。
吉州的龍泉縣，有彭友和李滿等人號稱十大王，他們在縣境內的武陵、烈源、陳田三處紮起許多大小營寨，由十大王分別掌管。
彭友聽說岳飛帶兵來征討，跟手下重仁說：「大家都說岳飛智勇為天下第一，希望我們共同努力打敗他。讓天下人知道，連岳飛都敗了，其他人能奈我何？」
這話很快便傳到岳飛耳中，他聽后一笑置之。但是為了避免流血，還是先派了兩名說客到彭友營寨去勸降，想不到農民領袖彭友態度堅定地回答說：「請幫我告訴岳承宣使，吾等寧敗不肯降！」
岳飛經過觀察之後，決定先分化再各個擊破。
首先，岳飛帶領王貴、張憲等人合力攻佔總隘口，切斷了起義軍所有轉往別處的通道。接著便布置好包圍圈，再選定目標集中攻擊，事先設定每天至少要擊破一座營寨。
岳飛之前掃平李成、曹成等游寇的時候，幾乎都沒有遇到過堅強的抵抗。這次的感受完全不同，在攻擊每一座營寨時，都遇到起義軍的拚死反抗。有一次在攻打過程中甚至有永新縣尹花八等人率領起義群眾三千人，特別從其他地方趕過來一起對付官軍。
岳飛終於發現，若使用以前那種以招安為主，盡量不趕盡殺絕的方法，根本遏阻不了起義軍；只好硬起心腸，改採屠殺手段來對付。半個月之後，漫山遍谷都是起義軍的屍體，起義軍大部分的營寨均已擊破，彭友也被岳飛的軍隊所俘獲。
最後只剩下李滿的大寨，還憑據天險孤伶伶地死守。
所謂李滿的營寨，其實就是一個名為「固始洞」的山洞。這個山洞正好位在一個最高最險的地方，懸崖百仞，極難攀登，而且只有一條通道。
固始洞里腹地寬闊，別有洞天。李滿的親信與家眷還在裡面積存了許多糧米金帛，是一個很適合死守的地方。
岳飛先令人用巨木做成八座天橋，每天派出一些士兵，試圖攀登天橋以攻擊山寨。守衛固始洞的起義軍為了阻撓官軍的進攻計劃，根本不讓官軍接近營寨，紛紛從山上或洞口，把大批的檑木和炮石投擲下來。
雙方就這樣相持不下，官軍雖然天天都企圖爬上天橋，卻始終無法達到目的。
其實這正是岳飛的計畫，人員只要不傷亡，永遠都擁有再攻的機會；但是檑木和炮石等防禦物品就不一樣了，等到洞內囤積全部用光之後，起義軍就再也沒有任何武器可以阻止官軍攀登天橋了。
終於等到了這一天，岳飛便激勵兵卒，令先鋒部隊用前後「靨心」（金屬製品，形狀有點像小型盾牌）耙山而上，全副武裝的士兵緊跟在後一擁而上。固始洞終於被攻破，李滿也被官軍所俘獲。
這時清點人數，才發現洞中聚集的起義軍與眷屬，男女老幼合計居然達到兩萬多人，他們事後都被分別遣送回鄉去了。
虔州的農民起義軍領袖，包括陳顒、鐘超、羅閑十、王彥，還有一個綽號叫做鐘大牙。他們和吉州的起義軍本來就互相熟識而且連通一氣，因此岳飛把吉州的起義軍徹底殲滅的事，他們應該都已經心知肚明。岳飛猜想，他們多多少少應該被官軍的實力所懾服，或許可以接受招安吧。
岳非先派人到起義軍的各個首領那裡去試探他們的想法，結果大大出乎岳飛意料之外，他們沒有一個人願意放棄抵抗。岳飛只好決定還是使用武力解決。
岳飛的軍隊，很快就在興國縣衣錦鄉一帶遭遇到起義軍。這些起義軍雖然充滿勇氣與熱誠，但是完全沒有任何的武鬥技巧與經驗，面對岳家軍這種精銳的正規軍根本毫無招架之力；起義軍大小几百座營寨很輕易就被攻破，首領們也全部被活捉。岳家軍卻差不多是毫髮無傷。
這一次對吉、虔兩州農民起義軍進行鎮壓的戰役中，因為對手實力太弱，岳飛很少親自出手，正好用來訓練部將。除了前軍統制張憲，中軍統制王貴之外，李逵轉世的徐慶由於個性直率，沒有心機，經常都把農民們被逼反的心情直接說出來，希望大家對他捫手下留情，所以連敵方也尊重他，要歸降時也指名找他。徐慶從此成了岳飛最疼愛的將官。
紹興三年癸丑，岳武掃平虔、吉群盜，從新淦縣啟程凱旋，途經青泥市蕭寺，一時感觸良深，在壁間題七言絕句一首：
雄氣堂堂貫鬥牛，誓將直節報君仇。
斬除頑惡還車駕，不問登壇萬戶侯。
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