附屬於衛所制度的軍匠體系也日益朽壞，匠戶收入只能勉強糊口，建造兵船時又有各級官吏上下其手層層剋扣銀兩，肆無忌憚的偷工減料，本來明朝的兵船、火器都相當先進，但這樣一搞質量就很成問題了，譬如火器使用時往往炸膛，兵船也造得粗疏。
難怪永安侯、提督操江徐喬松見到這製作精良的船就如臨大敵，如果白蓮教的船竟比朝廷水師還好，一旦讓他們成了氣候，那還得了？ 秦林在船上仔細檢查，並沒有發現有用的線索，船上太乾淨了，從舵盤到甲板、從船帆到桅杆，沒有任何可以證實它身份的標誌。
“老哥我仔細檢查過好幾遍啦，一無所獲啊！”雷公騰連聲嘆氣。
“是啊……”秦林點點頭，“不過還有一個地方我們沒有看呢。
” 船底。
雷公騰眨眨眼睛，船底又能有什麼線索？ 秦林指揮兵丁把這艘船拖進了船塢，落閘、抽水，不一會兒已將船塢中水排了不少，露出了一小半船底。
啊！眾人齊齊發一聲喊。
只見船底上竟生著不少海草，糾纏盤繞的海草中間，還夾著不少海蠣子。
這不是江船，分明是從海里開進長江的。
雷公騰吃驚道：“是、是海盜？白蓮教和海盜勾結了？不，海盜沒有這樣船，倒像倭寇用的！” 所以他們不是說的人話嘛，小鬼子嘴裡哪兒能吐出人話呢？秦林嘿嘿地笑。
“汪直，一定是汪直餘黨！小鬼子原來造不出這樣好的船，都是漢奸帶了中國工匠替他們造的！”雷公騰跳著腳破口大罵。
第二卷 【江南煙雨】 第一四七章 臨時工威武 秦林通過審訊被俘白蓮教徒，從口供中發現了不同尋常之處： 所有人都聽清了田長老對神秘水手首領說的話，卻沒有一個人聽出水手首領究竟說了什麼內容；而判斷對方口音時，“八歲時去過揚州”、“聽見鄰居夫妻用湘西話吵架”……事實上是俘虜們不約而同地選擇了記憶中最模糊最生疏的方言，硬往那水手首領的頭上套。
顯然這是錦衣衛嚴刑逼供的結果，在重刑拷打下犯人只能把腦海中各種熟悉的方言一一排除開，最後把剩下那個記憶模糊、似是而非的答案招供出來，以求暫時逃脫刑訊。
捕獲的白蓮教徒來自大江南北，南直隸又是行商要津，北至朔漠、南到嶺南、西到川邊、東臨大海的商客川流不息，這好幾十名多在碼頭活動的漁民、船工常年接觸各地商客，怎麼可能沒有一個人能準確聽出那神秘水手首領的口音？ 排除了一切不可能的答案，剩下的最後一個答案就是真相：神秘水手根本就沒說中國話，他們來自海外！ 秦林把船弄進船塢，排干閘室中的水露出船底，就真相大白了：雖然船艙內、甲板、桅杆等所有地方都被小心處理過，沒有留下任何痕迹，但只有在海洋中才會生長的海藻、海蠣子等船底贅生物，則完全暴露了它的來歷：不是來自某處內河、湖泊，而是從海外偷偷溜進長江的。
那群神秘水手航行技術不錯，使用的船舶性能優良，相貌又和中國人相差不大，便可以把南洋諸國和西洋人排除在外，那麼剩下唯一的可能，就是倭寇了！ 此時寧波市舶司已罷，日本的朝貢貿易停了幾十年，而戚繼光平定倭寇也有十多年了，隆慶開海也是開在福建月港，只允許福建漳州、泉州的商民開展對外貿易，千里之外南直隸的普通百姓這輩子哪兒見過日本人、聽過日本話？打破腦袋也沒想到那邊去，這才在錦衣衛拷打之下產生了各種互相矛盾的供述。
秦林把這些分析和盤托出。
雷公騰邊聽邊點頭，“秦兄弟年紀雖輕，經驗卻是老辣！老哥我佩服不盡哪。
這次老弟又立了一功……不過老弟在蘄州破荊王府一案時便已上達天聽，燕子磯一案奏報上去，必定簡在帝心，將來青雲直上是不消說的，這次的功勞倒不足掛齒了，哈哈哈哈……” 秦林聞弦歌而知雅意，破獲燕子磯大案的功勞才是重頭，這次雖然查出有倭寇參與，後續偵破卻不是南京這邊能夠負責的，半吊子的些微功勞便讓與雷公騰，就算酬謝他安排庚字所的肥缺吧！ “什麼功勞？”秦林眨了眨眼睛，故作不解地道：“審訊不是由雷千戶主持的嗎？下官只是躬逢其適而已。
” 雷公騰大笑，拍著秦林的肩膀連聲道好：“老哥這次就承老弟的情了！今後庚字所，不，就算整個南京錦衣衛系統老弟有什麼麻煩，只管來和我說！” 話一出口，雷公騰又覺得冒昧了點，現在秦林還是他下屬，燕子磯大案上報朝廷，焉知聖旨下來又將如何？人家立的功勞可不小！ 再說了，江陵相府那位千金，還有魏國公府的大小姐都和他關係匪淺，要是真成了哪家的乘龍快婿，老泰山拔根汗毛下來也比他個錦衣千戶的腰還粗啊！大明朝錦衣衛最大的頭子劉守有對張居正唯命是從，而魏國公府看門的都有兩個人掛著錦衣衛指揮僉事的銜頭！ 心頭惴惴，雷公騰看了看秦林臉色並無異狀，這才又高興起來。
這起案子並不由南直隸方面的錦衣衛來查辦，因為現在的金陵城內外已經找不到幾個日本人了，根本就無從查起。
有明一朝，對外實行勘合貿易，日本、高麗等國不許自行來和中國人做生意，要領取朝廷發給的“勘合”（進出口許可證），以“朝貢”的名義前來經商，由市舶司予以接待。
嘉靖二年日本細川氏和大內氏分別持新舊兩種勘合來到寧波入貢，但明市舶司官員只肯接待其中一家，於是兩家為了爭奪朝貢的權利在寧波大打出手，惹得朝廷震怒，停了勘合貿易，從那以後江南就只有倭寇，沒有合法日商了。
十年前戚繼光又平定了倭寇，現在別說南京城，整個江南也見不到日本人，要查案自然無從談起。
倭寇平定，隆慶年間重新開了海禁，但僅限於福建月港，只能由泉州、漳州兩地的商民參與貿易，要從正規渠道找日本人了解情況查辦案情，就得移交給那邊；另外中日走私貿易仍集中於浙江寧波一線，南京方面也要行文給那邊的錦衣衛機構，讓他們明察暗訪。
這就不是秦林目前能理會的了，得等月港、寧波兩處查到線索。
雷公騰興沖沖的要去向上級復命，臨別時他猶豫了一下，又把秦林拉到旁邊，細聲細氣地道： “老弟已是簡在帝心，不日就要扶搖直上，又和張、徐兩位……咳咳，這個就不說了，總之老弟前程遠大得很，有些眼前的事情似乎不必太計較，耿定向和王本固是一黨，兩人手底下那群瘋狗御史逮人就咬……老弟收支上為難的話，上交千戶所的常例也可以減一減，老哥還是能做這點主的。
” 南京都察院右副都御史耿定向是醉鳳樓的後台東家，他和南京都察院左都御史王本固結為一黨，又有個弟弟耿定力做著北京右僉都御史，幾乎是清流言官的代表，就算六部尚書都要讓他三分，而勛臣貴戚也和他們尿不到一壺裡去。